【男子部 STクラス】
東京大学をはじめとする国公立大学や医学部医学科などの最難関大学進学を目指すクラスです。中学3年次に高校の学習が始まり、高校3年次の1学期までに大学受験に必要な全範囲を終え、2学期からは受験対策に集中します。授業は速いスピードで進むため、家庭学習の習慣が重要になりますが、高い目的意識を持って勉強に励む一方で、部活動にも力を入れる生徒が多く、高いレベルで文武両道を実現しています。男子STの2人に1人が早慶上智以上に進学する実績を誇ります。
【男子部 一般クラス】
毎回の授業の理解度をチェックしながら、確実に学びを深めていくカリキュラムが用意されているクラスです。英語では中学2・3年次にクラスを分割して少人数授業を実施し、数学は中学3年次に習熟度別クラスで学習するなど、きめ細やかな指導が特徴です。一般クラスの生徒は、体育祭や久我山祭、修学旅行などの学校行事で中心的な役割を担うことが多く、「きちんと青春」のスローガンのもとで青春を存分に味わいながら、国公立大学やGMARCH、早慶上理への進学を実現しています。
【女子部 STクラス】
男子部と同様に、最難関国公立大学や医学部医学科への進学を目指すクラスです。中学3年次から高校内容に入る先取り学習を実施し、高度な学習カリキュラムで確実に実力を養成します。女子STの2人に1人がGMARCH以上に進学しており、文武両道を実践しながら難関大学合格を実現しています。
【女子部 CCクラス(Cultural Communication)】
2018年に新設された、国際社会で貢献できる女性の育成を目指すクラスです。国学院大学の「もっと日本を。もっと世界へ。」のコンセプトのもと、「日本の文化や伝統を学び世界に発信できる人」「他の国の文化や伝統を相互に尊重し合える人」「英語を意欲的に学びフレンドシップを深められる人」の育成を目標としています。中学1年から高校2年まで「グローバル・スタディーズ」という独自科目があり、世界の多様性に気づき、互いの違いを尊重し、世界の人々と協働する気持ちを育てます。国学院大学の付属校ならではの日本文化を深く学べるプログラムと、海外大学や難関私立大学を目指す高い学力養成が特徴で、初年度卒業生からは医学部や海外大学への進学者も輩出しています。